MDI mengaplikasikan Sistem Pengajian Pondok Tulen dengan menggunakan kitab-kitab turath (turas) dan kaedah-kaedah pengajian yang digunakan oleh Ulama' silam yang muktabar. Ianya meliputi pelbagai bidang ilmu yang terdiri daripada Usuluddin,Feqah,Tasawauf,Tafsir al-Qur'an,Hadith,Nahu,Sorof dan lain-lain.
Di sini juga, para penuntut didedahkan dengan cara pembelajaran berasaskan pengalaman, realiti dan keteladanan akhlak. Pembelajaran berasaskan pengalaman adalah satu rahsia "menggali" seluas mungkin pengalaman yang dimiliki oleh penuntut, lebih-lebih pengalaman pengajar/ Tuan Guru .
Setelah tertegaknya madrasah yang menjadi gedung pengetahuan Islam ini, matlamat memartabatkan warisan para Anbiya dan Ulama' silam yang muktabar selangkah maju kehadapan untuk meniti arus pembangunan yang menjadi kemudahan dan asas kehidupan dalam menerapkan nilai-nilai murni Islam yang sebenar untuk diamalkan ke dalam cara hidup seharian pelajar pondok khasnya dan kepada masyarakat umum amnya.
Sejenak-Catatan Sejarah Penubuhan
- Pecah Tanah-Mei 2011
- Pembinaan Pondok Induk (sebagai surau dan dewan kuliyyah sementara) secara bergotong-royong
- Pembinaan Pondok Penginapan pelajar ( 10 buah pondo) -Julai 2011
- Mula beroperasi (solat terawih bulan Ramadhan 1432H)- Ogos 2011
- Pembinaan Surau Utama bagi aktiviti keagamaan dan dewan kuliyyah (dalam proses pembinaan) -November 2012
- Mula menerima kemasukan pelajar- Disember 2012